目前，中國的空域管理權屬于空軍，民航總局只能在空軍的允許范圍內使用空域，并且要隨時接受空軍的管理。中國大約80％的領空處于軍方的直接管制之下，而民航能夠利用的空域只有不到20%比例，這20%還得在軍方的嚴厲管控下方可使用。相比之下，美國逾90％的領空留作民用。一旦空軍在某片空域演習，此空域的所有民航飛機將全部禁飛。由于演習的持續時間，管控領域屬于軍事機密，遇到此種情況的航空公司只能以空中管制為由向旅客交待，不能多說半個字。2010年，軍事活動造成的航班晚點已經占到所有原因的14.77%。

空域不大，航路就少，必然會造成航路堵塞。例如京廣航路，就是一條寬20公里、高度從0至14000米的空中通道。飛機只能在這一航路上飛行，不能有任何偏離。京廣間的所有航班，以及從鄭州、武漢、長沙等地至北京、廣州方向的航班，從東北等地前往廣州方向的航班，都要在這一航路上飛行。在這種情況下，隨著民航運量的不斷增加，特別是京廣以及京廣以東的航路，航路擁堵帶來的流量控制成為必然。

坐汽車時，很可能高速路上不堵，但高速路口堵，坐飛機同樣如此。每座機場都有固定的進出港航路，所有飛機都必須按照固定航路飛行，不能亂飛。以廣州新白云機場為例，該機場一共只有三個出口，北出口在韶關，東出口在龍門，西出口在南寧。每個進出口到機場上空的距離約兩三百公里，這段路程被稱為空中走廊。白云機場每天進出港的近千架飛機，在進入機場的管制區后，都只能通過這三個出口起降。一旦起降飛機過多，進出港航路堵塞，航空公司只好以空中管制為由拖延起降。

這種情形有很多種情況。第一，不同的飛機有著完全不同的安全標準，有些相差十分巨大，很可能在同樣的天氣條件下，A380可以飛但A320就是不能飛。第二，對于相同的機型，各個航空公司的安全標準也不一樣。在相同的天氣條件下，很可能符合了東航的安全標準但不符合海航的。第三，國際航班有優先起飛權，這是一個世界范圍內都通行的不成文準則，例如加航的飛機起飛了幾小時但國航的飛機還原地不動，很可能就是遇到了這種情況。第四，基地航空有優先起飛權，比如國航在北京，東航在上海，南航在廣州，川航在成都。如果想優先起飛，建議選擇基地航空公司。

遇到飛機晚點的乘客，一個經常聽到的理由就是“天氣原因”。但乘客看到眼前天氣晴朗，查到目的地同樣如此時，難免會懷疑是否被航空公司忽悠了。但事實上，“天氣原因”簡單的四個字實際包含了很多種情況：出發地機場天氣狀況不宜起飛；目的地機場天氣狀況不宜降落；飛行航路上氣象狀況不宜飛越等等；在漫長的既定航線上，只要一個地方出現異常氣候條件，飛機就只能因“天氣原因”停在原地。航空飛行領域對于“天氣狀況”的判斷與普通人的生活經驗有很大差別。飛機起降不怕大風大雨，影響的關鍵氣象因素是能見度、機場起飛降落航道附近的低云、雷雨區，強側風等因素，晴朗不代表飛行意義上的正常天氣。此外，飛機在降落時常常會遇到短時間的惡劣天氣，可能5分鐘前和5分鐘后都允許飛機降落，但你的飛機剛好趕上惡劣天氣無法降落，這也是常見現象。

飛機從離開至到達需經過十分復雜的管制流程。在航班起飛前，飛行員就要經過與出發許可席聯絡、與地面臺聯絡、與塔臺聯絡等6個環節。每一個環節必須達到標準方可進行下一個，而且由于跑道等資源有限，相應環節并不可能一直等到符合條件才能進入下一個，而是在規定時間內達不到條件，就得全部退回重來。在這種規則下就不難解釋，為什么航空公司總會勸說乘客盡快登機，因為飛行員一旦延誤一分鐘申請航班，就要給后面所有正點申請的航班讓路，有時候甚至要讓過后面十幾班飛機才能起飛。常有乘客抱怨航空公司明知航班延誤，還要把乘客關在機艙里等待，而不是去更寬敞的候機廳休息。甚至有媒體分析稱航空公司此舉是為了提高航班準點率。但事實上，只有飛機關閉了艙門才能申請出發許可，從而進入等待起飛的序列。如果乘客這時候中途下機，飛機立刻會被排除出等待序列。